Assim como acontece com a opção pelo Simples Nacional, a opção pelo recolhimento simplificado – Simei (MEI) não exclui a incidência de outros tributos, tais como:

IOF 
Impostos sobre a Importação e Exportação 
Contribuição para o PIS/Pasep, Cofins e IPI incidentes na importação 
ITR 
Imposto de Renda, relativo aos rendimentos ou ganhos líquidos auferidos em aplicações de renda fixa ou variável, bem como relativo aos ganhos de capital auferidos na alienação de bens do ativo permanente, ou relativo aos pagamentos ou créditos efetuados pela pessoa jurídica a pessoas físicas 
FGTS 
Contribuição previdenciária relativa ao empregado.

A opção pelo Simei também não é suficiente para dispensar a obrigatoriedade de retenções tributárias sobre salários, remunerações, pró-labore, serviços e outros pagamentos (como aluguéis), conforme a legislação federal desses tributos.