Na sistemática de apuração não cumulativa do PIS e COFINS, os gastos com frete por prestação de serviços de transporte de insumos entre estabelecimentos do próprio contribuinte propiciam a dedução de crédito como insumo de produção de bens destinados à venda, conforme entendimento do Conselho Administrativo de Recursos Fiscais – CARF.

Apesar da Receita Federal, em várias soluções de consulta, vedar tais créditos, o CARF decidiu, através do Acórdão 3402-003.520, que há o direito ao contribuinte de abater os valores respectivos.

Também no mesmo julgamento o órgão decidiu que é legítima a tomada de crédito da contribuição não-cumulativa em relação ao custo de bens e serviços aplicados no tratamento de efluentes, por integrar o custo de produção do produto destinado à venda.

Fonte: https://guiatributario.net/2017/01/17/e-possivel-creditar-pis-e-cofins-sobre-fretes-entre-estabelecimentos/